Cmd пцр днк вич

Россия готовится к тотальному тестированию, новые тест-системы позволяют быстро провести масштабную проверку на вирус. К массовому выпуску приступил один из разработчиков нового продукта, два других начинают производство. Олег Гусев, ведущий научный сотрудник Научно-клинического центра прецизионной и регенеративной медицины Казанского федерального университета и института физико-химических исследований RIKEN (Япония) помог РБК Тренды разобраться в том, как устроено тестирование на коронавирус в России и в мире.

Что предлагает ВОЗ

Глава Всемирной организации здравоохранения Тедрос Гебреисус еще в середине марта призвал страны проводить как можно больше тестов на вирус, который вызывает заболевание SARS-CoV-2, даже людям без симптомов. Согласно руководству ВОЗ, анализы на коронавирус COVID-19 должны проводиться методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Как говорится в рекомендациях, на сегодня это самый точный и надежный метод диагностики вирусной инфекции. Он позволяет определить даже очень небольшое количество РНК вируса в биологическом материале человека. Это помогает выявить болезнь в инкубационном периоде.

Изобретенный в 1983 году метод и сейчас считается фундаментальным в молекулярной диагностике. Американский ученый, который придумал способ значительного увеличения малых концентраций фрагментов ДНК в биологической пробе, получил за него Нобелевскую премию. Выявление ДНК/РНК методом ПЦР позволяет диагностировать такие заболевания, как ВИЧ, вирусные гепатиты, инфекции, передающиеся половым путем, туберкулез, боррелиоз, энцефалит и многие другие. Метод используют в археологии, криминалистике, генетике.

Как работает ПЦР-тест

Для анализа из физиологических жидкостей извлекают одноцепочечную РНК, моделируют на ее основе двуцепочечную ДНК и многократно дублируют с помощью специального фермента (полимеразы). Увеличение числа копий ДНК называется амплификацией. В результате концентрация определенных фрагментов ДНК/РНК в биологическом образце, изначально минимальная, значительно увеличивается. При исследовании копируется только необходимый для теста участок ДНК. И, конечно, дублирование происходит только в том случае, если искомый участок вирусной ДНК или РНК присутствует в исследуемом биоматериале. В случае с коронавирусом мазок для анализа берут из ротоглотки или носоглотки, поскольку в крови или в кале вирус появляется на более продвинутой стадии болезни.

Тест-система EMG — продукт совместной разработки российских и японских разработчиков, проводившейся с 2016 года, рассказывает Олег Гусев. На данный момент эти тесты включены в систему обязательного медицинского страхования в Японии.

В ближайшее время планируется производить до 2,5 млн. тестов и 1 тыс. портативных лабораторий в неделю. Сами тесты, как и многие реагенты производятся в России. Планируется, что цена на тесты EMG будет в среднем в пять раз меньше, чем на стандартные ПЦР-тесты в Европе.

Российско-японские тесты основаны на методе изотермальной молекулярной диагностики SmartAmp, превосходящем метод ПЦР по скорости работы в восемь раз, а переносная лаборатория позволяет тестировать до 20 пациентов в час, говорит Гусев.

Ключевое отличие теста EMG в том, что многие тесты, которые производятся сейчас, это тесты ИФА (имунноферментный анализ), а не ПЦР. Данные системы определяют антитела, которые организм начинает вырабатывать не ранее, чем через неделю после заражения. Российско-японская разработка позволяет получать результат уже за 30 минут, с точностью, равной почти 100%. Кроме того, тест EMG позволяет определить наличие вируса уже на самых ранних стадиях, в то время как другие системы диагностики короновируса обладают меньшей чувствительностью и не могут выявлять вирус на ранней стадии инфицирования.

Принцип технологии российско-японского теста, по сути, не отличается от классической ПЦР — это наращивание количества целевых фрагментов ДНК и их детекция. Однако в изотермической амплификации, в отличие от классической ПЦР, где необходимы циклы нагрева и охлаждения, все происходит при одной температуре. Это позволяет многократно увеличивать скорость реакции. Метод SmartAmp был изобретен более 15 лет назад (как и LAMP — другая популярная технология изотермальной амплификации, предшествующая SmartAmp). Впервые для инфекционных заболеваний эту технологию применили в 2009 году для быстрого выявления пандемического гриппа (H1N1) в Японии.

Повторные тесты необходимы при любом методе. Отрицательный тест на COVID-19 не гарантирует, что человек не заразится этим вирусом на следующий день. Поэтому, например, в японских лабораториях персонал тестируют каждые несколько дней. Повторный тест нужен и для того, чтобы подтвердить, что человек излечился.

Эта тест-система будет использоваться для диагностики COVID-19 не только в России и Японии. 40 тыс. тестов закупила Австрия, поступили заказы из других стран Европы, Ближнего Востока, и Латинской Америки. Подана заявка в Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA) для поставок в эту страну.

На данный момент в России прошли регистрацию еще три теста на коронавирус.

По некоторым данным, в Москве проводится около 700 тестов на коронавирус в сутки. В планах у московских властей увеличить этот показатель до 10 тыс. тестов в сутки, а затем довести его до 25—28 тыс. тестов ежедневно.

Новые разработки за рубежом

Компания Bosch выводит на рынок свой тест на коронавирус, который сначала будет доступен в Германии, а вскоре появится в других странах. В его основе лежит диагностический аппарат Vivalytic, который, по словам изготовителей, станет первым автоматизированным тестом на COVID-19. Тест распознает не только коронавирус, но еще шесть респираторных заболеваний, например, вирусы гриппа А и B. Во время лабораторных испытаний аппарата его точность составила 95%.

Как пишет издание ZME Science, анализ может проводиться прямо в стационаре или медицинском центре — не нужно отправлять образцы в лабораторию и ждать, пока придет ответ. Врачи смогут быстрее идентифицировать и изолировать зараженных, а пациентам не придется пребывать в неизвестности несколько дней. Тест прост в обслуживании и не требует специальной подготовки. Медперсоналу нужно только взять мазок из носа или горла пациента, нанести его на картридж, содержащий реагент, и вставить картридж в анализатор. Каждый аппарат может выполнять до десяти анализов за 24 часа.

Еще более оперативный тест на COVID-19 разработали в Великобритании. Он позволяет выявить COVID-19 всего за 30 минут. Чтобы провести его, достаточно портативного оборудования стоимостью около $120 и набора полосок для мазков из носа и горла по $5 каждая. Одновременно проходить тест могут до шести человек.

FDA в экстренном порядке одобрило сверхбыстрый тест на коронавирус, разработанный калифорнийской компанией Cepheid. С его помощью диагноз можно будет поставить всего за 45 минут. Как отмечает Business Insider, для обработки результатов теста не требуется специальное обучение. Нужен лишь доступ к системе Cepheid GeneXpert — в США их 5 тыс., а по всему миру — 23 тыс.

Начало тотального тестирования людей на COVID-19 во всем мире — хорошая новость как для людей, так и для национальных органов здравоохранения. До сих пор в мире нет четкого представления о том, сколько людей заражены коронавирусом и выявление тех, у кого он уже есть: их госпитализация или отправка на домашний карантин позволит быстрее оценить масштаб угрозы и вовремя принять правильные меры.

Стоимость услуги:

2650 руб.* Заказать

Срок исполнения: 2 - 7 к.д. Заказать Указанный срок не включает день взятия биоматериала

Не менее 3 часов после последнего приема пищи. Можно пить воду без газа.

Метод исследования: ПЦР

ВИЧ-инфекция — инфекционное заболевание, вызываемое вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) — Human Immunodefi ciency virus (HIV). Характеризуется специфическим поражением иммунной системы, приводящим к формированию синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД). Вирус иммунодефицита человека — РНК-содержащий вирус — относится к семейству ретровирусов. Существует два типа вируса: ВИЧ-1 и ВИЧ-2. ВИЧ-2 встречается значительно реже.

Определение ДНК провируса методом ПЦР показано для обследования детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей (в возрасте до 18 месяцев); других категорий пациентов в случаях сомнительных результатов определения антител методом иммуноблота и положительных результатов определения антител методом ИФА. ДНК провируса ВИЧ присутствует в крови даже в случае недетектируемой вирусной нагрузки (недектируемое количество РНК ВИЧ).

ВИЧ-ИНФЕКЦИЯ: ДИАГНОСТИКА У ДЕТЕЙ, РОЖДЕННЫХ ОТ ВИЧ-ИНФИЦИРОВАННЫХ МАТЕРЕЙ

Определение ДНК провируса у детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей, желательно проводить в возрасте до 48 часов жизни, 1-2 месяца, 3-6 месяцев.

Получение положительных результатов определения ДНК ВИЧ в двух отдельно взятых образцах крови у ребенка старше 1 месяца является лабораторным подтверждением диагноза ВИЧ-инфекции. Получение двух отрицательных результатов определения ДНК ВИЧ у ребенка в возрасте 1-2 месяцев и 4-6 месяцев (при отсутствии грудного вскармливания) исключает наличие ВИЧ-инфекции. Но снятие с диспансерного учета может осуществляться только в возрасте старше 1 года.

ВИЧ-ИНФЕКЦИЯ: РАННЯЯ ДИАГНОСТИКА ВОЗМОЖНОГО ИНФИЦИРОВАНИЯ

Определение ДНК провируса ВИЧ возможно использовать в ранней диагностике возможного инфицирования после эпизода повышенного риска (на 10-й день после потенциального инфицирования). Однако для полного исключения ВИЧ-инфекции необходимо в последующем проведение повторного исследования и серологической диагностики в сроки 4 и 12 недель.

ПОКАЗАНИЯ К ИССЛЕДОВАНИЮ:

Обследование детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей (в возрасте до 18 месяцев);
В случаях сомнительных результатов определения антител методом иммуноблота и положительных результатов определения антител методом ИФА.

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ:

Референсные значения (вариант нормы):

Параметр	Референсные значения
ДНК ВИЧ (качественное исследование)	Не обнаружено

Аналитическая чувствительность теста составляет 100 копий/мл.

При выявлении ДНК провируса ВИЧ требуются повторные дополнительные исследования для подтверждения ВИЧ-инфекции. При отрицательном результате, но высоком риске инфицирования требуется повторное обследование для исключения ВИЧ-инфекции.

ВНИМАНИЕ! Для сдачи биоматериала и получения официального результата необходимо иметь при себе паспорт. Дети до 14 лет сдают анализ в присутствии родителей (или законных представителей); при себе необходимо иметь свидетельство о рождении ребенка и паспорт родителя (или законного представителя).

" ["serv_cost"]=> string(4) "2650" ["cito_price"]=> NULL ["parent"]=> string(2) "25" [10]=> string(1) "1" ["limit"]=> NULL ["bmats"]=> array(1) < [0]=>array(3) < ["cito"]=>string(1) "N" ["own_bmat"]=> string(2) "12" ["name"]=> string(22) "Кровь с ЭДТА" > > >

Биоматериал и доступные способы взятия:

Тип	В офисе
Кровь с ЭДТА

Подготовка к исследованию:

Не менее 3 часов после последнего приема пищи. Можно пить воду без газа.

Метод исследования: ПЦР

ВИЧ-ИНФЕКЦИЯ: ДИАГНОСТИКА У ДЕТЕЙ, РОЖДЕННЫХ ОТ ВИЧ-ИНФИЦИРОВАННЫХ МАТЕРЕЙ

ВИЧ-ИНФЕКЦИЯ: РАННЯЯ ДИАГНОСТИКА ВОЗМОЖНОГО ИНФИЦИРОВАНИЯ

ПОКАЗАНИЯ К ИССЛЕДОВАНИЮ:

Обследование детей, рожденных от ВИЧ-инфицированных матерей (в возрасте до 18 месяцев);
В случаях сомнительных результатов определения антител методом иммуноблота и положительных результатов определения антител методом ИФА.

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ:

Референсные значения (вариант нормы):

Параметр	Референсные значения
ДНК ВИЧ (качественное исследование)	Не обнаружено

Аналитическая чувствительность теста составляет 100 копий/мл.

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, пользовательских данных (сведения о местоположении; тип и версия ОС; тип и версия Браузера; тип устройства и разрешение его экрана; источник откуда пришел на сайт пользователь; с какого сайта или по какой рекламе; язык ОС и Браузера; какие страницы открывает и на какие кнопки нажимает пользователь; ip-адрес) в целях функционирования сайта, проведения ретаргетинга и проведения статистических исследований и обзоров. Если вы не хотите, чтобы ваши данные обрабатывались, покиньте сайт.

! Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, пользовательских данных (сведения о местоположении; тип и версия ОС; тип и версия Браузера; тип устройства и разрешение его экрана; источник откуда пришел на сайт пользователь; с какого сайта или по какой рекламе; язык ОС и Браузера; какие страницы открывает и на какие кнопки нажимает пользователь; ip-адрес) в целях функционирования сайта, проведения ретаргетинга и проведения статистических исследований и обзоров. Если вы не хотите, чтобы ваши данные обрабатывались, покиньте сайт.

Специфичность ПЦР во многом определяется специфичностью праймера. Вернее, специфичность ПЦР-диагностики основана на специфичности праймера.
Если праймер смог распознать сайт-мишень на матрице ДНК, то он к нему присоединится по принципу комплементарности, и запустится амплификация.

В чем принципиальная особенность ВИЧ? Нестабильность генома. То есть большая часть вируса подвержена мутациям, но есть короткие консервативные сайты, мутации в которых приводят к отсутствию репликационного потенциала у вириона. Поэтому в качестве провируса в ДНК человека ищутся именно консервативные последовательности.

Праймеры для поиска консервативных последовательностей гена gag разных штаммов ВИЧ:

инициирующие синтез против хода транскрипции:
SK145 (SEQ ID NO: 1)
5'-AGTGGGGGGACATCAAGCAGCCATGCAAAT-3'

SK145M2 (SEQ ID NO: 2)
5'-AGTGGGGGGACACCAGGCAGCAATGCAAAT-3'

инициирующие синтез по ходу транскрипции:
SKCC1 (SEQ ID NO: 3)
5'-TACTAGTAGTTCCTGCTATGTCACTTCC-3'

SKCC3
(SEQ ID NO: 4)
5'-TGAAGGGTACTAGTAGTTCCTGCTAT-3'

Рассмотрим подробнее праймер SK145.
Какую последовательность ВИЧ он амплифицирует?
Строим для него комплементарную последовательность TCACCCCCCTGTAGTTCGTCGGTACGTTTA, разворачиваем ATTTGCATGGCTGCTTCATGTCCCCCCACT.

Ищем в blast. Выдает геномы hiv1. Все корректно.

Включаем поиск только в человеческом геноме.
Находим разные неполные совпадения, вот интересное:

Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p12 Primary Assembly

Query 1 ATTTGCATGGCTGCTTCATG 20
|||| |||||||||||||||
Sbjct 27793412 ATTTTCATGGCTGCTTCATG 27793431

Мы видим практически 100%-ое совпадение в геноме человека с первыми 20-ю основаниями амплифицируемой последовательности ВИЧ. При этом данное совпадение комплементарно 3'-концу праймера.
Запомним это.

Теперь немного о проектировании праймеров.

Из статьи "ОСНОВНЫЕ АСПЕКТЫ КОНСТРУИРОВАНИЯ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ДНК КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ":
"Специфичность. В идеале праймер должен обладать 100 %-ной комплементарностью по отношению к сайту-мишени и не распознавать другие, даже очень близкие по нуклеотидному составу, последовательности. Однако практика показывает, что эффективными могут быть и праймеры, не обладающие 100 %-ной комплементарностью и имеющие достаточно высокую степень гомологии (но не более 70 %) по отношению к другим нуклеотидным последовательностям."

Из книги "Современные проблемы биохимии. Методы исследований":
"по мере необходимости допускается присоединение к 5'-концам праймеров некомплементарных матрице последовательностей, которые могу заключать в себе требуемые сайты рестрикции, промоторные участки . "

Или вот из статьи:
"Интереснейший взгляд на конструирование прймеров выражают CODEHOP-праймеры. Они показали высокую эффективность при клонировании представителей мультигенных семейств [Rose et al., 2003]. Мэйнстримом при создании праймеров становится представление о том, что их 3'-конец отвечает за чувствительность (то есть, способность разделять комплементарные и некомплементарные участки матрицы), а 5'-конец придает способность прочно связываться с матрицей [Sommer & Tautz, 1989]. Поэтому CODEHOP-праймеры состоят из участков, разнящихся по степени соответствия матрице и принципу их выведения. Более короткий 3'-участок (11-12 осн.) является полностью вырожденным и представляет все возможные пути кодирования данной аминокислотной последовательности. Более длинный 5'-участок (20-30 осн.) лишь приблизительно представляет кодирующую последовательность, но оказывается достаточным для надежного удержания праймера на матрице."

Специалисты отвечают, что навешивали на 5'-конец праймера некомплементарные цепочки без потери эффективности ПЦР.

Или вот с этого же форума:
"molbiol.ru/forums/lofiversion/index.php/t 46052.html":
". На 5' конец можете нацепить хвост какой угодно хоть 20 нуклеотидов (лично делала). На 3' конце последний нуклеотид должен быть комплементарен, перед ним можно ставить 1-2 некомплементарных мой личный рекорд три некомплементарных основания, но эффективность амплификации была не очень. Ну а в середине (например для мутагенеза) можно и шпильку вставить 5-6 букв."

К чему я веду? Для успешного ПЦР полная комплементарность праймера к матрице не нужна. Комплементарность важна для 3'-конца праймера, требуемый размер комплементарной последовательности 11-12 оснований. Основания с 5'-конца праймера не обязаны быть полностью комплементарны матрице, но их последовательность должна хоть как-то держаться на матрице.

А blast, как было показано выше, нашел в геноме человека последовательность, которая комплементарна 3'-концу праймера SK145, размер ее составляет 20 оснований.
Для наглядности:
5'-AGTGGGGGGACATCAAGCAGCCATGCAAAT-3'
в праймере жирным выделена последовательность, комплементарная к человеческому геному. А 5'-AGTGGGGGGA для амплификации, как было показано выше в цитатах, должна хоть как-то удержаться на матрице.

Праймер вполне может гибридизироваться с последовательностью из
Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p12 Primary Assembly, и начнется амплификация. С последующим прохождением сигнала и ложноположительным ПЦР. Без всякого ВИЧ.

Если с помощью blast поискать в геноме человека первые 12 оснований ATTTGCATGGCT, комплементарные 3'-концу праймера SK145, то мы найдем 148 последовательностей. Число 12 взято на основании процитированной выше статьи о стратегии разработки праймеров.

Итак, существуют 148 последовательностей в геноме человека, на которых потенциально возможна неспецифическая амплификация с помощью праймера SK145.

При этом для последовательности из Homo sapiens chromosome 3, GRCh38.p12 Primary Assembly, этот сценарий, на мой взгляд, очень вероятен, так как ее первые 20 оснований комплементарны первым 20 основаниям 3'-конца праймера, при общей длине праймера в 30 оснований.

Остальные 147 последовательностей нуждаются в дополнительном рассмотрении. То есть надо смотреть последовательности, которые идут за ними в геноме человека, и прикидывать, сможет ли цепочка из 18 оснований праймера (5'-AGTGGGGGGACATCAAGCA), не будучи полностью комплементарной, удержаться на них.

UPD: одна их них (под ней последовательность из gag ВИЧ)
ATTTGCATGGCTG GC T TC TG CT C TG CC TTC
ATTTGCATGGCTG CT T CA TG TC C CC CC ACT
Это будет амплифицировано с высокой степенью вероятности.

Если есть какие-либо исследования, в которых показано, что праймер SK145 не гибридизируется ни с одной из этих 148 последовательностей, то было бы интересно на них взглянуть.

В патентах на праймеры для ВИЧ результаты тестов на специфичность обнаружить не удалось, только на чувствительность.

Стоимость услуги:

3150 руб.* Заказать

Срок исполнения: 2 - 7 к.д. Заказать Указанный срок не включает день взятия биоматериала

Не менее 3 часов после последнего приема пищи. Можно пить воду без газа.

Метод исследования: ПЦР

Ультрачувствительные тесты – это тесты с высокой аналитической чувствительностью (20 МЕ/мл и выше). Тест позволяет проводить диагностику ВИЧ-инфекции, вирусных гепатитов С и В на ранних сроках. Исследование оптимально для тестирования донорской крови. Исследование показано для раннего выявления вирусных гепатитов В и С, ВИЧ 1/2 типа у контактных лиц из группы риска.

ПОКАЗАНИЯ К ИССЛЕДОВАНИЮ:

Раннее выявление вирусных гепатитов В и С, ВИЧ 1/2 типа у контактных лиц группы риска.

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ:

Референсные значения (вариант нормы):

ДНК вируса гепатита В	менее 5 МЕ/мл — не обнаружено более 5 МЕ/мл — обнаружено
РНК ВИЧ 1 и 2 типа	менее 20 копий/мл — не обнаружено более 20 копий/мл — обнаружено
РНК вируса гепатита С	менее 10 МЕ/мл — не обнаружено более 10 МЕ/мл — обнаружено

Аналитическая чувствительность исследования для определения РНК HCV – 10 МЕ/мл.
Аналитическая чувствительность исследования для определения ДНК HBV - 5 МЕ/мл.
Аналитическая чувствительность исследования для определения РНК ВИЧ 1 и 2 - 20 копий/мл.

Выявление ДНК или РНК вирусов свидетельствует об инфицировании.

" ["serv_cost"]=> string(4) "3150" ["cito_price"]=> NULL ["parent"]=> string(2) "25" [10]=> string(1) "1" ["limit"]=> NULL ["bmats"]=> array(1) < [0]=>array(3) < ["cito"]=>string(1) "N" ["own_bmat"]=> string(2) "12" ["name"]=> string(22) "Кровь с ЭДТА" > > >

Биоматериал и доступные способы взятия:

Тип	В офисе
Кровь с ЭДТА

Подготовка к исследованию:

Не менее 3 часов после последнего приема пищи. Можно пить воду без газа.

Метод исследования: ПЦР

ПОКАЗАНИЯ К ИССЛЕДОВАНИЮ:

Раннее выявление вирусных гепатитов В и С, ВИЧ 1/2 типа у контактных лиц группы риска.

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ:

Референсные значения (вариант нормы):

ДНК вируса гепатита В	менее 5 МЕ/мл — не обнаружено более 5 МЕ/мл — обнаружено
РНК ВИЧ 1 и 2 типа	менее 20 копий/мл — не обнаружено более 20 копий/мл — обнаружено
РНК вируса гепатита С	менее 10 МЕ/мл — не обнаружено более 10 МЕ/мл — обнаружено

Выявление ДНК или РНК вирусов свидетельствует об инфицировании.

Полимеразную цепную реакцию (Polymerase chain reaction, ПЦР, PCR) изобрёл в 1983 году американский биохимик Кэри Б. Мюллис. В 1993 году за это открытие он был удостоен Нобелевской премии.

Сегодня области применения ПЦР как современного метода молекулярной биологии чрезвычайно широки. Особое место диагностика ПЦР занимает в медицинской практике. И причина этому достаточно проста: полимеразная цепная реакция делает невозможное возможным.

Часто диагностику ПЦР образно описывают как метод, с помощью которого можно находить иглу в стоге сена и затем строить стог из этих игл. "Иглой" является крошечный фрагмент генетического материала клеток (ДНК или РНК).

Таким образом, открытие этого метода - одно из наиболее выдающихся событий в области молекулярной биологии за последние десятилетия. Развитие метода ПЦР позволило медицинской диагностике в целом подняться на качественно новый уровень.

Основы ПЦР

Основа метода - многократное избирательное копирование (амплификация) определённого участка ДНК с целью получения такого количества генетического материала, которого будет достаточно для визуальной детекции. При этом многократно копируется (амплифицируется) только заданный участок ДНК при условии, что он присутствует в исследуемом биоматериале.

Кроме того, исследование помимо простого увеличения количества копий участков ДНК позволяет проводить другие манипуляции с генетическим материалом. Поэтому метод широко применяется в научных исследованиях, биологической и медицинской практике: в диагностике инфекционных и наследственных заболеваний, при выявлении мутаций, генотипировании, установлении отцовства, идентификация личности и др.

ПЦР в диагностике инфекционных болезней

Сегодня ПЦР-диагностика инфекций - один из самых точных, чувствительных и эффективных клинических лабораторных методов. Причём спектр выявляемых возбудителей практически неограничен – была бы разработана тест-система для ПЦР-анализа искомого возбудителя.

Благодаря своей высокой чувствительности, ПЦР позволяет выявить возбудителя даже при его минимальном содержании (то есть в исследуемом биоматериале присутствуют всего несколько молекул его ДНК).

Анализ на ИППП методом ПЦР особенно актуальны при бессимптомном течении инфекционного процесса, вызванного безусловно-патогенными микроорганизмами (Хламидия , качественное определение ДНК; Микоплазма, качественное определение ДНК; Возбудитель гонореи, качественное определение ДНК; Возбудитель трихомоноза, качественное определение ДНК). Например, при хронической гонорее у женщин даже с помощью бактериологического метода часто не удается выявить гонококк, несмотря на имеющиеся симптомы хронического воспалительного процесса в шейке матки или уретре.

Современная ПЦР-диагностика позволяет не только выявить генетический материал возбудителей инфекций, но и определить концентрации их ДНК/РНК (количественный формат исследования). Определение количества возбудителей имеет важное значение в решении вопроса о назначении лечения, особенно если выявлены условно-патогенные микроорганизмы (Микоплазма, количественное определение ДНК; Типирование уреаплазмы, количественное определение ДНК) .

ПЦР-диагностика гепатитов

В настоящее время известно как минимум 5 вирусов, способность которых вызывать поражение печени доказана. Это возбудители гепатита А, В, С, D, Е. В редких случаях гепатит может быть вызван вирусами Эпштейна-Барр и простого герпеса. Способность поражать печень таких агентов как вирусы ТТ и гепатита G сегодня признается не всеми. Все эти вирусы относятся к различным семействам, имеют разные биологические свойства и соответственно, тактика лечения будет тоже значительно отличаться в зависимости от этиологии гепатита.

Учитывая вышеизложенное, весьма актуальной проблемой является адекватная этиологическая диагностика вирусных гепатитов с выявлением конкретного возбудителя. Без использования современных молекулярно-биологических методов это невозможно. Поэтому диагностика гепатитов методом полимеразной цепной реакции - один из самых важнейших шагов в установлении причины заболевания и определения дальнейшей тактики лечения.

ПЦР в диагностике ВИЧ-инфекции

В настоящее время для лабораторной диагностики ВИЧ-инфекции используется наиболее доступный и одновременно чувствительный подход - обнаружение в крови антител к ВИЧ с помощью иммуноферментного анализа (ИФА) – с последующим подтверждением положительных результатов анализа методом иммуноблоттинга (ИБ). Эффективность выявления лиц, инфицированных ВИЧ, с помощью данного подхода может достигать 99% и более.

Но серологическая диагностика ВИЧ-инфекции имеет ряд ограничений:

В Центре молекулярной диагностики (CMD) можно сдать ПЦР-анализ на ВИЧ анонимно.

Где сдать анализы ПЦР?

Читайте также: